Feminoteka powstała w 2001 roku jako pierwsza w Europie Środkowo-Wschodniej feministyczna księgarnia online i serwis kulturalny. W 2005 roku została przekształcona w fundację. Jej pomysłodawczynią i fundatorka jest Joanna Piotrowska, edukatorka, trenerka WenDo, ekspertka w dziedzinie przeciwdziałania przemocy wobec kobiet.
W pierwszych latach swej działalności zajmowałyśmy się szerokorozumianą problematyką dyskryminacji ze względu na płeć. „Trudne wyrazy – odzyskajmy kobiety w języku” była pierwszą akcją fundacji przeprowadzoną w 2005 roku. Promowałyśmy nią żeńskie odpowiedniki męskich nazw zawodów czy funkcji. Akcja organizowana była we współpracy z „Wysokimi Obcasami”.
Przez kilka lat prowadziła projekty związane z dyskryminacją na rynku pracy, stworzyła wirtualne muzeum historii kobiet, prowadziła szkolenia i warsztaty antydyskryminacyjne. Jednak za każdym razem okazywało się, że w niemal każdym obszarze, który poruszała Feminoteka, największym problemem jest przemoc wobec kobiet, zwłaszcza przemoc seksualna.
W 2009 roku podjęłyśmy decyzję o uruchomieniu telefonu interwencyjnego dla kobiet z doświadczeniem przemocy i coraz bardziej nasze działania zaczęły się skupiać właśnie na tej tematyce. Szczególnym obszarem zainteresowań i działań zawsze była przemoc seksualna – przygotowywałyśmy raporty na ten temat, publikacje, debaty. Otworzyłyśmy także specjalny Fundusz dla kobiet po doświadczeniu gwałtu, dzięki któremu możemy szybko udzielić wsparcia potrzebującym.
W 2013 roku Feminoteka podjęła się organizacji i koordynacji w Polsce międzynarodowej akcji One Billion Rising (Nazywam się Miliard), zainicjowaną przez Eve Ensler – amerykańską aktywistkę, autorkę „Monologów waginy”. Akcja skupiała się na problematyce przemocy seksualnej wobec kobiet. Z akcji wyrosła Antyprzemocowa Sieć Kobiet – grupa skupiająca lokalne liderki i działaczki przeciwprzemocowe.
W 2022 roku w związku z pełnoskalową wojną w Ukrainie otworzyłyśmy schronisko dla kobiet z doświadczeniem przemocy, a nasze działania rozszerzyłyśmy na uchodźczynie.
W 2023 roku otworzyłyśmy pierwszy w Polsce Punkt pomocy dla kobiet po doświadczeniu gwałtu, wzorowany na takich placówkach (i we współpracy z nimi) z Irlandii i Wielkiej Brytanii, gdzie działają od 40 lat.